木材防腐處理有其優點，也有其缺點。如果防腐處理做的不好或不恰當，或防腐木材使用的場合不正確，則有些傳統防腐劑及其防腐處理的木材會產生一些輕微危害。
木材強度
防腐處理或多或少都會對木材的力學性質產生一些影響，導致木材強度損失，但影響的大小，與一系列因素有關.包括木材質齲、尺寸、防腐前的預處理(尤其是木材含水率)、防腐處理工藝(壓力高低、溫度高低、時間長短等)、后處理、木材的二次干燥、防腐木材是甭再加工以及使用環境等。通常，防腐木材作為承載結構材料使用時，需對原木材強度值進行調整，降低0～10%。當防腐木材作為非承載結構材料使用時，則防腐處理對木材強度，可忽略不計。
但是，如果防腐劑、防腐處理工藝、木材加工等適當，則防腐處理導致的強度降低就很有限。一些木材防腐先進或發達國家，都對防腐處理工藝有具體要求，以防止或減少防腐劑(尤其是水載型防腐劑)處理導致的木材強度損失。
如果使用普通不防腐的木材，在濕環境中使用，腐朽蟲蛀導致的木材強度損失會更大。例如，當腐朽導致木材質量損失達到5%～10%時，木材強度一般會降低20%～80%。木材腐朽的危害，還在于初期腐朽很難察覺和檢測出來，當觀察到腐朽時，木材強度的損失往往已經越過l0%。因此，從結構安全性的角度來說，使用防腐木材比使用普通(不防腐)木材的安全性更高。
油漆、涂飾
防腐木材的油漆、涂飾性與所用木材防腐劑的種類相關。油溶性防腐劑克里蘇油或防腐油處理的木材，油漆性很差，一般不能進行涂飾加工。如果非要用油漆，也需將防腐油處理的木材風化1～2年后，將涂飾、油漆，而且一般只能使用油溶性、半透明的著色劑。但另一方面，防腐油處理的木材，一般只用作鐵路枕木和電桿等工業用途，不在人們生活的景觀、視野之內，更不與人接觸，因此也沒有必要進行油漆、涂飾。
對于水載型防腐劑處理的木材，只要防腐劑和防腐處理應用得當，則油漆、涂飾性不受影響。水載型防腐劑處理的木材，在很多情況下需要進行表面涂飾。其原因，一是水載型防腐劑處理木材多用于民用場合，或應用在人們生活的景觀、視野之內，進行表面涂飾，可使木材更美觀;二是表面涂飾可減輕木材的風化，使木材的美感保持更長時間。
腐蝕性
木材對金屬(連接件、緊圍件等)的腐蝕性與木材含水率、溫度、ph值、木材內含物(浸提物)以及使用環境(如鹽分、污染物)等因索相關。木材本身對金屬就有一定的腐蝕性，但由于普通(不防腐)木材多用于室內、干燥的環境條件下，因而不明顯。與普通木材相比，防腐木材中的化學物質含量增加了，特別是防腐木材多用在環境條件惡劣的室外、潮濕的場合，因此其對金屬的腐蝕性增加。
木材對金屬腐蝕性的大小。一般用腐蝕速度來衡量。防腐木材的腐蝕性，也常常用來比較不同防腐劑的腐蝕性。但應注意，它比較的是防腐木材與普通木材對金屬腐蝕性的差別，而不是木材防腐劑本身的腐蝕性。作為通用指引，用于防腐木材的金屬連接件、金屬緊固件等，需使用熱鍍鋅或不銹鋼的制品。
